微型真空泵的性能是由它的結構決定的。真空泵有立式結構和臥式結構等。不同的真空泵結構會給它帶來不一樣的特點，讓它能夠適用于更多的場合。

立式結構的進、排氣口水平設置，裝配和連接管路都比較方便。但泵的重心較高，在高速運轉時穩定性差，故這種型式多用于小泵。

臥式泵的進氣口在上，排氣口在下。有時為了真空系統管道安裝連接方便，可將排氣口從水平方向接出，即進、排氣方向是相互垂直的。此時，排氣口可以從左或右兩個方向開口，除接排氣管道一端外，另一端堵死或接旁通閥。這種泵結構重心低，高速運轉時穩定性好。一般大、中型泵多采用此種結構。

真空泵的兩個轉子軸與水平面垂直安裝。這種結構裝配間隙容易控制，轉子裝配方便，泵占地面積小。但泵重心較高且齒輪拆裝不便，潤滑機構也相對復雜。

人的性格決定了他的命運，真空泵的結構也決定了它的性能。不同結構的真空泵有其自身的性能特點，在特定的場合下有著特定的作用。